Загреб университетінің Хорватия, сонымен қатар Оңтүстік-Шығыс Еуропада ғана емес, ең үлкені. оның ресми қорының күні 23 қыркүйек 1669 саналады, Рим императоры және венгр-хорватиялық патшасы Leopold I Загреб, Хорватия және Славония Корольдігінің бұрынғы капиталдың еркін корольдік қаласының аумағында жұмыс істейтін бұрынғы Jesuit академиясының университет оқу орындарының, артықшылықтары мен мәртебесін тану заң шығарған кезде. Бұл күні алынған құқықтарын іске асыру үшін өз күресте Загреб университетінің тарих бастауы болып табылады және беделді және Орталық Еуропадағы университеттері мен академияларының өкілі арасында лайықты орын алуға.

, Медициналық теологиялық, философиялық және құқықтық: ол 1861 жылы университет төрт факультет ұйымдастыруды ұсынды кезде оның қазіргі заманғы формасы, бастама dzhyakovskogo епископ және Хорватия Иосип Juraj Strossmayer көрнекті меценат басталады жылы Загреб университетінің тарихы. ұсыныс бірнеше жыл бойы саналады, және 1874 жылы парламент Хорватия бастамасын қабылданды және жарлық шығарылды «Университет туралы». Сол жылы университет өз атауын өзгертті Загреб заманауи университет ретінде белгілі болды.

1990 жылдан бастап университет, үлкен дербестік алды сол уақытта Болон процесіне қосылу бастады.